Trong những năm qua, quan hệ đối tác chiến lược Việt Nam-Nhật Bản ngày càng đi vào chiều sâu, thiết thực. Hai nước thường xuyên trao đổi đoàn các cấp.
Về phía Nhật Bản: Thủ tướng Nhật Bản thăm Việt Nam 8 lần (Murayama tháng 8/1994, Hashimoto tháng 1/1997, Obuchi tháng 12/1998, Koizumi tháng 4/2002 và tháng 10/2005 nhân dự Cấp cao ASEM 5; Shinzo Abe tháng 11/2006 và tháng 1/2013; Naoto Kan 10/2010); Hoàng tử Nhật Bản Akishino thăm chính thức Việt Nam tháng 6/1999 và thăm với tư cách cá nhân tháng 8/2012; Hoàng Thái tử Nhật Bản thăm chính thức Việt Nam tháng 2/2009.
Từ sau khi nhậm chức (ngày 28/12/2012), Thủ tướng Shinzo Abe đã điện đàm với Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng 2 lần để trao đổi về quan hệ hai nước đồng thời chọn Việt Nam là nước đầu tiên đến thăm trong chuyến công du nước ngoài đầu tiên (16-17/1/2013).
Về phía Việt Nam: Tổng Bí thư Đỗ Mười thăm chính thức Nhật Bản tháng 4/1995 (Nhật Bản là nước đầu tiên trong các nước G7 Tổng Bí thư thăm chính thức); Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh thăm chính thức tháng 10/2002 và tháng 4/2009; Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết thăm cấp Nhà nước tháng 11/2007; Thủ tướng Võ Văn Kiệt thăm chính thức tháng 4/1993; Thủ tướng Phan Văn Khải thăm chính thức tháng 4/1999 và sau đó thăm làm việc vào tháng 6/2001, tháng 4/2003, tháng 12/2003, tháng 6/2004; Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng thăm chính thức tháng 10/2006 và tháng 10/2011, thăm làm việc tháng 5/2009, dự Hội nghị cấp cao Mê Công-Nhật Bản 11/2009 và 4/2012; Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Phú Trọng thăm chính thức tháng 3/2008, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Sinh Hùng thăm chính thức tháng 12/2012./.