Việc không cho phép các trường ngoài công lập đào tạo các ngành nói trên trong dự thảo lần đầu đã tạo nên một số ý kiến cho rằng không có sự bình đẳng giữa trường trong và ngoài công lập. Theo Vụ trưởng Vụ GD-ĐH Trần Thị Hà, đây chỉ là sự nhầm lẫn của người hiệu chỉnh dự thảo khi đưa văn bản lên mạng để lấy ý kiến của dư luận. Đó chỉ là ý kiến từ một đơn vị thuộc Bộ trong quá trình đưa dự thảo lấy ý kiến, còn trong quá trình chỉ đạo và soạn thảo dự thảo không hề có nội dung này.