Theo đánh giá của Bộ GD & ĐT, năm học 2011-2012, Bộ đã ban hành nhiều văn bản quy phạm pháp luật quan trọng về GDĐH trong đó có Luật GDĐH đã được Quốc hội thông qua và chính thức có hiệu lực ngày 1-1-2013. Cùng với đó, Bộ tăng cường phân cấp quản lý, tăng quyền tự chủ cho cơ sở GDĐH, năm học này cũng đánh dấu bước chuyển hướng trong chỉ đạo của Bộ đối với các trường ĐH, CĐ. Theo báo cáo của 324 trường ĐH, CĐ đến hết ngày 31/12/2012 các trường đã xét tuyển và triệu tập được 462.163 thí sinh nhập học, đạt tỷ lệ 83% so với chỉ tiêu được giao.
Bên cạnh những kết quả đã đạt được, các đại biểu dự Hội nghị đã chỉ ra những mặt còn hạn chế trong giáo dục ĐH như: công tác quản lý Nhà nước về GDĐH còn chưa chặt chẽ; việc đổi mới nội dung, chương trình còn chậm…Các trường đề nghị Bộ tiếp tục quan tâm phát triển đội ngũ giáo viên có trình độ cao; có cơ chế khuyến khích đối với các đơn vị có sáng tạo trong việc thực hiện cơ chế tự chủ tài chính. Sắp xếp quy hoạch lại các trường ĐH, CĐ trong cả nước.
Năm học 2012-2013, Bộ GD & ĐT đề ra mục tiêu “siết chặt kỷ cương, nâng cao chất lượng đào tạo”. Toàn ngành tập trung thực hiện 3 nhiệm vụ trọng tâm là tiếp tục hoàn thiện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thi hành Luật GDĐH. Tăng cường điều kiện đảm bảo chất lượng trong tất cả các khâu hoạt động GDĐH. Giữ vững nguyên tắc, trật tự, kỷ cương trong hoạt động GD & ĐT.
Phát biểu kết luận tại Hội nghị, Bộ trưởng Bộ GD&ĐT Phạm Vũ Luận nhấn mạnh: Nhiệm vụ trọng tâm của năm học 2012 - 2013 là tập trung củng cố, hoàn thiện mô hình tự chủ gắn với tự chịu trách nhiệm của cơ sở GD, trong đó nêu cao vai trò, trách nhiệm của người đứng đầu. Tiếp tục đổi mới mạnh mẽ công tác quản lý Nhà nước, đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra và xử lý nghiêm các cơ sở GD vi phạm các quy định...