Cơ sở để đề xuất miễn thủy lợi phí là do người nông dân phải đóng góp nhiều khoản để xây dựng, sửa chữa cơ sở hạ tầng ở nông thôn, xã, bản, trong khi thu nhập và mức sống đang còn rất thấp, nhất là khu vực miền núi, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn. Việc miễn thu thủy lợi phí sẽ giảm bớt chi phí sản xuất nông nghiệp của người nông dân, tạo điều kiện cho người nông dân đầu tư sản xuất và cải thiện một bước thu nhập. Dự kiến kinh phí phải cấp bù hằng năm do miễn thu thủy lợi phí khoảng 1.000 tỉ đồng.