Theo điều tra của cơ quan chức năng, cuối năm 2004, Nguyễn Anh Tuấn và Nguyễn Tuấn Anh đã lợi dụng chức vụ và quyền hạn được giao, làm trái các quy định của Nhà nước trong việc giao dịch mua bán ngoại tệ chuyển đổi với giá trị và số lượng lớn. Trong quý IV/2004, Nguyễn Anh Tuấn trực tiếp giao dịch mua bán ngoại tệ và chỉ đạo Nguyễn Tuấn Anh thực hiện gần 1.400 giao dịch với tổng giá trị hơn 17,3 triệu USD...
Cơ quan điều tra xác định, hành vi cố ý làm trái của 2 bị can này làm cho Agribank lỗ 401 tỷ đồng. Liên quan đến vụ án, cơ quan điều tra cũng xác định sự liên quan của 3 cán bộ khác thuộc Agribank. Theo đó, các cán bộ này tuy có liên quan đến sai phạm, nhưng do mức độ không lớn, nhân thân tốt nên có thể miễn trách nhiệm hình sự...