Căn cứ quy định của pháp luật hiện hành, lực lượng Thanh tra của Cục Thuế tỉnh đã tiến hành xử lý vi phạm thông qua các hình thức, như: truy thu, phạt, truy hoàn tiền thuế đối với các doanh nghiệp vi phạm. Từ kết quả thanh tra, Cục Thuế tỉnh đã yêu cầu các doanh nghiệp vi phạm nộp về ngân sách trên 36,2 tỷ đồng. Trong đó, có một số doanh nghiệp bị truy thu, phạt, truy hoàn số tiền thuế lớn, như: Công ty CP Xây dựng và Thương mại Thành Vinh (trên 490 triệu đồng); Công ty CP Tư vấn đầu tư và Xây dựng Hồng Hà (480 triệu đồng) Công ty CP Đầu tư và Thương mại Nhật Huyền (gần 150 triệu đồng)…
Năm 2018, Cục Thuế tỉnh có kế hoạch thanh tra 65 doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh và thanh tra đột xuất khi phát hiện doanh nghiệp có dấu hiệu bất thường trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.