Hang Đầu Gỗ tập trung một quần thể kiến trúc cổ xưa, toát ra vẻ đẹp cổ kính, hoang sơ và tĩnh mịch với nhiều cột, trụ, măng đá nhỏ nhắn, cao vút như muốn vươn tận trời xanh...
Do có cửa hang được mở rộng nên độ ẩm trong lòng hang cao, cộng với sự tác động của ánh sáng mặt trời nên hệ thực vật phát triển đa dạng, đặc biệt là rêu, cây dương xỉ và cây thân gỗ...
Hang được chia thành 3 ngăn. Ngăn thứ nhất, hệ thống nhũ đá có nhiều hình ảnh quen thuộc với cuộc sống: sư tử, trăn, rùa, đôi gà chọi. Ngăn thứ hai gồm hình ảnh những hòn đảo đá lô nhô trên sóng nước, được khắc họa rõ nét. Ngăn thứ 3 là hình ảnh những cột đá khổng lồ, không thô nhám, mềm mại.