Trong khi chất thải từ sản xuất công nghiệp, làng nghề khoảng 2.000 tấn mỗi ngày. Tuy nhiên, tỷ lệ thu gom chất thải rắn nhìn chung còn thấp, từ 40% đến 90% đối với đô thị và 15%-20% đối với nông thôn. Hầu hết các tỉnh trong lưu vực không có bãi chôn lấp hợp vệ sinh hoặc khu xử lý tập trung. Lượng chất thải không được thu gom, xử lý trở thành nguồn ô nhiễm cho hệ thống nước mặt và nước ngầm. Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt đề án bảo vệ tổng thể và phát triển bền vững môi trường, sinh thái, cảnh quan lưu vực sông Cầu. Trong đó, mục tiêu đề ra là thu gom 90% chất thải công nghiệp, chất thải sinh hoạt, xử lý 60% chất thải nguy hại.