Điều 12 của Nghị định 203 quy định: tiền cấp quyền khai thác khoáng sản thực hiện nộp 70% cho ngân sách Ttrung ương, 30% cho ngân sách địa phương đối với giấy phép do Trung ương cấp; 100% cho ngân sách địa phương đối với giấy phép do UBND cấp tỉnh cấp. Tổ chức, cá nhân được cấp quyền khai thác khoáng sản nộp tiền theo thông báo của Cục Thuế địa phương. Việc thu, nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản được thực hiện theo đúng quy định về thu và quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước.
Sau khi nhận được giấy chứng nhận đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước, tổ chức, cá nhân được cấp quyền khai thác khoáng sản gửi 1 bản cho Tổng Cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam đối với giấy phép thuộc thẩm quyền cấp phép của Bộ Tài nguyên và Môi trường hoặc cho Sở Tài nguyên và môi trường đối với giấy phép thuộc thẩm quyền cấp phép của UBND cấp tỉnh để theo dõi, giám sát…