Bên cạnh những mặt tích cực, trong công tác CCTHHC vẫn bộc lộ những hạn chế: công tác tuyên truyền về CCHC còn hình thức; việc ứng dụng công nghệ thông tin vào hoạt động của cơ quan hành chính chưa đáp ứng yêu cầu đề ra; việc sử dụng thư điện tử của tỉnh và hệ thống quản lý văn bản đi - đến chưa được thực hiện thường xuyên; hệ thống quản lý chất lượng phù hợp tiêu chuẩn Quốc gia TCVN ISO 9001:2008 áp dụng vào các cơ quan hành chính còn thấp...
Trong thời gian tiếp theo, T.X Phổ Yên tiếp tục tập trung thực hiện kế hoạch CCHC năm 2017; Đề án CCHC giai đoạn 2016-2020; chủ động thực hiện chế độ thông tin, báo cao đúng tiến độ, kịp thời; tăng cường công tác kiểm tra, giám sát việc thực thi công vụ đối với cán bộ, công chức; tập trung đẩy mạnh công tác thông tin, tuyên truyền; duy trì và nâng cao chỉ số CCHC của UBND thị xã...