Sau 4 tháng thành lập nhưng bộ máy ở các TT làm việc chưa "chạy". Một số TT của các huyện thuộc Hà Tây (cũ) hiện chỉ có 2-3 người, thậm chí chỉ có lãnh đạo mà không có nhân viên như TT của huyện Chương Mỹ. Tính đến thời điểm hiện nay, cả nước còn 6/63 tỉnh chưa có danh sách cán bộ thống kê tuyến tỉnh và huyện; 11/59 tỉnh chưa có danh sách cán bộ thống kê tuyến huyện. Hiện nay, nhiều cán bộ có kinh nghiệm làm công tác DS-KHHGĐ đã xin chuyển hoặc được phân công sang các ngành khác; nhiều cán bộ mới được tuyển dụng chưa được đào tạo nghiệp vụ về DS-KHHGĐ. Vì vậy công tác DS-KHHGĐ đang phải đối mặt với tình trạng cán bộ đã thiếu về số lượng lại yếu về nghiệp vụ chuyên môn.
Theo Tổng cục DS-KHHGĐ, hiện định mức biên chế sự nghiệp cho TT và cho cán bộ DS-KHHGĐ xã chưa được quy định vì Thông tư liên tịch số 08/2007/TTLT-BYT-BNV ngày 5-6-2008 giữa Bộ Y tế và Bộ Nội vụ hướng dẫn định mức biên chế sự nghiệp trong các cơ sở y tế nhà nước được ban hành trước khi chức năng quản lý nhà nước về DS được chuyển giao sang Bộ Y tế. Nhiều địa phương còn lúng túng trong việc giải quyết mối quan hệ giữa phòng y tế với TT trong tổ chức thực hiện các hoạt động DS-KHHGĐ. Vì thế, việc triển khai chương trình mục tiêu cũng như chi trả phụ cấp, thù lao cho cán bộ chuyên trách xã và CTV phải thông qua phòng y tế hoặc TT y tế huyện thực hiện. Vấn đề chuyển cán bộ DS-KHHGĐ cấp xã về trạm y tế gặp nhiều trở ngại, nhiều người chưa đạt chuẩn về trình độ đào tạo, tuổi lại cao.
Bà Trần Hoa Mai, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục DS-KHHGĐ cho biết, Tổng cục đang trình Bộ Y tế ra văn bản đề nghị các bộ, ngành liên quan chú trọng phân bổ chỉ tiêu biên chế năm 2009 cho ngành DS, phù hợp với nhiệm vụ. Bộ Y tế đã hướng dẫn các địa phương lộ trình để thực hiện việc tuyển dụng cán bộ DS-KHHGĐ vào viên chức y tế xã. Trong thời gian tới, Tổng cục sẽ triển khai tổng rà soát, đánh giá đội ngũ cán bộ DS-KHHGĐ xã, phường và CTV DS để hoàn thành công việc này sớm nhất.