Tình trạng ô nhiễm ở mỗi khu vực cũng khác nhau. Tại các chợ thuộc địa bàn thành phố Thái Nguyên có sự ô nhiễm về hoá học cao hơn, trong khi đó ở các chợ thuộc các huyện tỷ lệ ô nhiễm lại chủ yếu do yếu tố sinh học. Trong các yếu tố gây nhiễm thì yếu tố hoá học có nguy cơ cao là hàn the và yếu tố sinh học có mặt nhiều nhất trong thực phẩm là E.coli.
Theo báo cáo kết quả giám sát mối nguy gây ô nhiễm thực phẩm năm 2011 của Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm tỉnh thì các mẫu thực phẩm chín ăn ngay lấy tại các chợ: Phú Thái, Minh Cầu, chợ Đồng Quang, chợ Thái, chợ Chu (ĐịnhHoá), chợ Đình Cả (Võ Nhai), chợ Đu (Phú Lương), chợ Chùa Hang (Đồng Hỷ), chợ Đại Từ, chợ Úc Sơn (Phú Bình), chợ Ba Hàng (Phổ Yên), chợ Mỏ Chè (Sông Công) và mẫu nước được lấy tại các cơ sở sản xuất nước uống đóng chai trên địa bàn tỉnh cho thấy: các loại thực phẩm thịt lợn quay, giò nạc, chả thịt lợn, chả cá là những thực phẩm có số mẫu có tỉ lệ không đạt yêu cầu vệ sinh thực phẩm khá cao, trong đó chả thịt lợn chiếm 79, 2%, giò nạc chiếm 77,2%, thịt lợn quay chiếm 75%. Các nhóm thực phẩm khác có tỷ lệ mẫu không đạt thấp hơn.
Về kết quả lấy mẫu tại các cơ sở nước uống đóng chai cho thấy các mẫu lấy tại vòi chiết, bình đựng như sau: trong 6 tháng, các mẫu phân tích không đạt là: tháng 6 có 0/8 mẫu, tháng 7 có 1/8 mẫu, tháng 8 có 0/8 mẫu, tháng 9 có 1/8 mẫu, tháng 10 có 2/10 mẫu, tháng 11 có 2/11 mẫu.