Trong quá trình thực hiện dự án gặp nhiều khó khăn về công tác đền bù giải phóng mặt bằng; địa hình thi công bất lợi (do có nhiều đồi, khe, dễ bị sạt lở khi trời mưa to…). Tuy nhiên, đơn vị chủ đầu tư, chính quyền huyện Đại Từ cũng như nhà thầu thi công đã rất nỗ lực nên sau 18 tháng thi công, dự án cải dịch tuyến đường sắt Thái Nguyên - Núi Hồng đã hoàn thành 95% khối lượng xây lắp. Các hạng mục còn lại đang được nhà thầu thi công nước rút để đưa tuyến đường sắt này vào sử dụng trong tháng 10 tới.